Studium der Musiktheaterregie in Hamburg. Markus Bothe inszenierte Musiktheater- und Schauspielproduktionen u. a. für die Deutsche Oper Berlin, die Staatsoper Stuttgart, die Volksoper Wien, die Washington National Opera, die Opéra national du Rhin, die Oper Köln, die Semperoper, für das Schauspiel Frankfurt, das Düsseldorfer Schauspielhaus, das Nationaltheater Weimar und das Schauspielhaus Graz, darunter zahlreiche Ur- und Erstaufführungen. Für seine Inszenierung von »Roter Ritter Parzival« am Schauspiel Frankfurt wurde er 2010 mit dem Deutschen Theaterpreis DER FAUST in der Kategorie „Regie Kinder- und Jugendtheater“ ausgezeichnet. Von 2004 bis 2008 war er Mitglied der künstlerischen Leitung und Festivalmanager der Theaterbiennale »Neue Stücke aus Europa« am Hessischen Staatstheater Wiesbaden.
Am Deutschen SchauSpielHaus Hamburg inszenierte Markus Bothe die Familienstücke »Tintenherz« von Cornelia Funke (2006) und »Krabat« von Otfried Preußler (2007), »König Artus« (2014) sowie »Tausendundeine Nacht« (2016). In der Spielzeit 2018-19 brachte Markus Bothe mit »Robin Hood« ein neues Familienstück auf die Bühne des SchauSpielHauses (Uraufführung 6/12/2018).

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